1071 Malazgirt Meydan Muharebesi’nden sonra Selçukluların Anadolu’ya yerleşmeye başladıkları dönemde İzmir merkezli bağımsız bir beylik kuran Emir Çaka Bey,   İzmir’de modern bir tersane yaptırmış ve tersane civarındaki bölgeyi deniz üs kompleksine dönüştürmüştür. Daha sonra kürekli ve yelkenli gemilerden oluşan 50 parçalık ilk Türk donanması 1081 yılında inşa edilmiştir. Deniz Kuvvetleri’nin kuruluş yılı olarak kabul edilen 1081’de Emir Çaka Bey donanmanın başında Ege’ye açılmıştır. Haçlı Seferleri Anadolu Selçuklu Devleti’nin denizlere yönelik faaliyetlerini önemli oranda engellemiş olmakla birlikte, Anadolu Selçuklu Sultanı 1. Alaeddin Keykubat, Alanya ve Sinop Tersanelerinde inşa ettirdiği gemilerle filolar kurmuştur. Alanya Tersanesi, Türklerin kurmuş olduğu ilk organize tersane olarak kabul edilmektedir.  

Doğu Marmara’ya kesin şekilde yerleşmesinin ardından deniz gücü geliştirme faaliyetlerine girişmiş ve 1327 yılında Karamürsel’de ilk Osmanlı tersanesi kurulmuştur. Donanma hiyerarşik bir sistemle teşkilatlandırılmış ve Donanma Komutanı’na “Derya Beyi” unvanı verilmiştir. Kara Mürsel Bey, Osmanlı Devleti’ndeki ilk “Derya Beyi” olmuştur. Osmanlı İmparatorluğu’nun denizlere yönelik modern anlamdaki teşkilatlanması Yıldırım Bayezid döneminde başlamıştır. Gelibolu Deniz Üssünün 1401 yılında tamamlanması ile birlikte “Kaptan-ı Derya/ Kaptan Paşa” terimi kullanılmaya başlanmış ve Saruca Paşa Türk deniz tarihinin ilk Kaptan-ı Deryası olmuştur.

Fatih Sultan Mehmet döneminde de denizcilik anlamındaki ilerleme devam etmiş, İstanbul’un fethinden sonra Osmanlılar Ege ve Karadeniz’de mutlak bir hâkimiyet sağladıktan sonra Akdeniz’e ilerlemiştir. Fatih Sultan Mehmet 1455 yılında dünyanın en büyük tersanelerinden biri olan İstanbul Tersanesi’ni Kasımpaşa’da kurmuştur. 1492-1495 tarihleri arasında ilk defa denizden tahliye harekâtı icra edilmiş, Kemal Reis tarafından İspanya’dan kovulan Müslüman ve Yahudiler Fas ve Cezayir’e intikal ettirilmiştir. Ayrıca bu dönemde Türk deniz bilimcileri dünya denizciliğine büyük katkıda bulunmuşlardır. Muhiddin Piri Reis’in 1513 ve 1528 yıllarında yaptığı iki dünya haritası ile Piri Reis’in “Kitab-ı Bahriye” adlı kılavuz kitabı buna örnektir.

Yavuz Sultan Selim’in Mısır’a yönelik kara harekâtında Türk donanması önemli lojistik destek sağlamış, Mısır’ın fethinden sonra ise Osmanlı İmparatorluğu, Kızıl Deniz ve Hint Okyanusu’nda faaliyet göstermeye başlamıştır. Yavuz Sultan Selim’in vefatından sonra başa geçen Kanuni Sultan Süleyman’da donanmaya büyük önem vermiştir.            

Bu zafer, Osmanlı Devletini Akdeniz’in tartışılmaz hâkimi yapmıştır. Preveze Deniz Zaferi, büyük bir şeref ve gurur abidesi olarak Türk denizcilerine ışık tutmaktadır. Zaferin kazanıldığı 27 Eylül günü her yıl Deniz Kuvvetleri Günü olarak kutlanmaktadır. Ayrıca 1543 yılında Fransa’nın İspanyol donanmasına karşı yardım istemesi sonucu Barbaros Hayrettin Paşa komutasındaki Osmanlı donanması Güney Fransa’ya sevk edilmiş ve ilk defa bir diplomasi unsuru olarak kullanılmıştır. Aynı yıl Hadım Süleyman Paşa Umman Denizi’ne açılarak Aden’i ele geçirmiş, daha sonra Hindistan’a ulaşarak burada Portekizlilerle çarpışmıştır.

Osmanlılar, doğudaki deniz ticaret yollarının kontrolü amacıyla uzun yıllar yoğun çaba sarf etmiştir. Türk denizciliği bu dönemde Salih Reis, Aydın Reis, Murat Reis, Selman Reis, Seydi Ali Reis, Hasan Reis, Piyale Paşa, Kılıç Ali Paşa gibi ünlü denizciler sayesinde büyük başarı göstermiştir. 17. yüzyıldan itibaren Osmanlı devlet adamlarının siyasi hedeflerine Deniz Kuvvetleri’ni arka planda bırakarak Kara Kuvvetleri’yle ulaşmaya çalışmaları,  orduların lojistik yönden ciddi sorunlarla karşı karşıya kalmasına ve toprak kaybı ile sonuçlanan yenilgilere sebep olmuştur.

Sinop Baskını ve Kırım Savaşı’nın güçlü ve modern gemilerden oluşan bir donanmaya sahip olmanın gerekliliğini ortaya koyması Sultan Abdülaziz’i yeni gemiler inşa ettirmeye sevk etmiştir. Ayrıca 1864 yılında kurmay subay yetiştirmek amacıyla “Erkan-ı Harbiye-i Bahriye Mektebi” (Deniz Harp Akademisi) kurulmuştur. “Kaptan-ı Deryalık/Kaptan Paşalık” makamı 1867 yılında kaldırılmış, yerine 1922 yılına dek sürecek olan “Bahriye Nazırlığı” makamı oluşturulmuştur. 2. Abdülhamit döneminde de donanmanın güçlendirilmesi için çaba sarf edilmiş, Batılı ülkelerden kruvazör, muhrip, torpidobot ve gambot almak için harekete geçilmiştir. Fakat yeni alınan gemilerin Haliç’te atıl tutulması ve personelin eğitimsiz olması sebebiyle ilerleme sağlanamamıştır.

Bu dönemdeki en önemli olaylardan biri 1889’da Ertuğrul firkateyninin iade-i ziyaret kapsamında Japonya’yı ziyaret etmesi, ancak dönüş yolunda fırtına sonucu batmasıdır. Bu kaza Türk-Japon ilişkilerinin mihenk taşı olarak kabul edilmektedir. Birinci Dünya Savaşı sırasında tarihe geçecek Çanakkale Zaferi’nin kazanılmasında Nusret Mayın Gemisi’nin oynadığı rol büyük önem taşımaktadır.

Kurtuluş Savaşı sırasında ise denizin önemi farklı bir boyut kazanmış ve Karadeniz üzerinden gelen silah, cephane ve diğer malzemelerin nakliyesi amacıyla bir deniz nakliyat teşkilatı kurulmuş, zamanla bu müdürlük daha da genişleyerek “Bahriye Dairesi Reisliği” adını almıştır. Savaşın bitimiyle birlikte küçük tonajlı savaş gemilerinin harekâta hazır hale gelmesi için çalışmalar başlamıştır. Deniz Kuvvetleri’nin geliştirilmesi maksadıyla TBMM 30 Aralık 1924 tarihinde Bahriye Vekaleti (Denizcilik Bakanlığı) yasası çıkarmış, imkânlar dahilinde uzun vadeli bir programla gerek yurtdışından gemi alımı gerekse mevcut gemilerin yenilenmesi suretiyle yeni bir donanma oluşturulmaya başlanmıştır.

1936’da Montrö Boğazlar Sözleşmesi’nin imzalanmasından sonra İstanbul ve Çanakkale Boğazlarında birer Müstahkem Mevki Komutanlığı ve bu komutanlıklara bağlı olarak Deniz Komutanlıkları kurulmuştur. İkinci Dünya Savaşı öncesinde İngiltere ve Almanya’dan, savaş sonrasında ABD’den temin edilen su üstü gemileri ve deniz altılar ile donanma güçlendirilmeye devam edilmiştir. İlerleyen yıllarda gerçekleştirilen çeşitli modernizasyon projeleri Deniz Kuvvetleri’nin gücünü daha da artırmış, 90’lı yılların sonunda bir açık deniz kuvveti haline gelmesinin önünü açmış ve bugünkü çağdaş, güçlü ve modern kuvvet yapısına ulaşılmasını sağlamıştır.